Para garantizar la confidencialidad en la transferencia de datos en Internet se utiliza un protocolo de seguridad, SSL (Secure Sockets Layer), que aceptan la inmensa mayoría de navegadores. Este sistema asegura la identidad del vendedor, garantiza la integridad del mensaje y codifica los datos con un cifrado de hasta 128 bits, lo que garantiza que si alguien intercepta la comunicación no podrá interpretarla.

Al comprar en Internet con tarjeta de crédito, tanto la validación como la realización efectiva del pago se realizan mediante el mismo sistema que en un comercio convencional. Una vez que el número de tarjeta llega al vendedor, éste es enviado fuera de Internet de la misma forma que al pagar en cualquier tienda 'física'. 

Algunos bancos han implementado el Comercio Electrónico Seguro, que añade un elemento más de seguridad mediante una clave asociada a la tarjeta que sólo conoce su propietario. Así, tras teclear el número de tarjeta al comprar online, se le solicita al cliente su código personal que lo identifica como legítimo usuario de la tarjeta. Asegúrese de disponer de dicho número si su banco dispone de este sistema.